JobRouter speichert alle Prozessdefinitionen sowie alle Vorgangsdaten in genau einer relationalen Datenbank. Diese Datenbank kann auch zu Auswertungszwecken herangezogen werden. Für die Beschreibung der relevanten Tabellen steht ein weiteres Handbuch JobRouter Tech Doc zur Verfügung. JobRouter unterstützt Microsoft SQL-Server, MySQL bzw. MariaDB und Oracle-Datenbanksysteme (Siehe auch Systemvoraussetzungen).
Für jeden JobRouter-Prozess wird eine eigene Tabelle in der Datenbank angelegt. Diese Tabelle beinhaltet sämtliche vorgangsindividuellen Daten. Die Workflow-Daten werden für jeden einzelnen Schritt vorgehalten, so dass auch im Nachhinein noch dokumentiert ist, wie sie zu einem bestimmten Zeitpunkt ausgesehen haben. Jede Information innerhalb des Prozesses wird als eine Spalte dargestellt (z.B. Belegnummer, Belegdatum, etc.). Die Tabelle wird automatisch von JobRouter erstellt und erweitert.
Zusätzlich können Untertabellen definiert werden, die nach dem gleichen Prinzip wie die Prozesstabellen arbeiten. Untertabellen können beliebig viele Zeilen pro Workflow-Schritt enthalten und werden daher zum Erfassen von Positionsdaten (wie z.B. Rechnungszeilen) verwendet.